Mågeøerne opstod for 100 år siden ovenpå muslingebanker på toppen af en række aflange småholme.

Der yngler 15 fuglearter på øerne, bl.a. skarv, edderfugl og strandskade.

I vinterhalvåret besøges øerne af den sjældne lysbugede knortegås.

Vegetationen er planter som marehalm, strandmalurt, strandgåsefod og kveller. I de lavvandede områder omkring øerne vokser havgræsser og søsalat. Mågeøerne er blevet større med tiden - engang stak de kun op ved ebbe, nu kan de ses hele året, og der er meget sand på. Det skyles bland andet, at sand fra den nærliggende sandstrand ved Bogense når herhen.

Der er adgangsforbud på øerne fra 1. marts til 31. august.