Jerusalem Kirken er som metodistkirke bygget som frikirke.

Stilen er byzantinsk-romansk. I Rigensgade i nærheden af det historiske kvarter Nyboder og Kongens Have knejser Jerusalemskirkens 50m høje, irgrønne tårn og strækker sig mod himlen. Tårnet afsluttes med et spir med symbolerne stjernen, korset og liljen.

Bygningen er opført i 1866 af røde mursten på granitsokkel. Grundfladen er 32m x 19m. Tårnbygningen har 8 små gavle, hjørnerne bærer små spir.

Kirkens unikke romantiske orgel med fjernværk er det eneste af sin art i Danmark. Det kan høres ved orgelkoncerter i juni, juli og august.