Den ældste del af kirken er fra 1100-tallet, og er et romansk kirkerum med et rektangulært skib og et kvadratisk kor. I sengotisk tid, altså omkring 1500, er der opbygget en del hvælvinger.

Kirken er præget af dens forbindelse til herregården Gammel Estrup og dens ejere.

I 1616 havde kirkeejeren, rigsråd og lensmand til Dronningborg Slot, Eske Brock (som er kendt for sine dagbøger og rejser med christian IV) udvidet kirken til næsten det dobbelt. De karakteristiske, gotisk prægede trappegavle som er på både tårn og våbenhus, kan også findes på porttårnet på Gammel Estrup.

Auning Kirke var igennem mere end 400 år herskabskirke for ejerne af Gammel Estrup.